El toponímico Tepakán significa en idioma maya lugar del pakán por derivarse de las voces Te, aquí y pakán, nombre de una planta que produce unos frutos semejantes a la tuna.

Se sabe que durante la colonia estuvo bajo el régimen de las encomiendas, entre las que se puede mencionar la de Francisco de Arceo y la señora Ana de Argüelles. En 1825, después de la independencia de Yucatán, TEPAKAN formó parte del Partido de la Sierra Baja, con cabecera en Mama